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National Center for Biotechnology Information (NCBI)


Le Centre américain pour les informations biotechnologiques (NCBI), en anglais National Center for Biotechnology Information, est un institut national américain pour l'information biologique moléculaire. Fondé en 1988 à Bethesda dans le Maryland, cet organisme fait partie de la Bibliothèque américaine de médecine, un des Instituts américains de la santé.


National Center for Biotechnology Information (NCBI)
National Center for Biotechnology Information (NCBI)


GÉNÉRALITÉS

Le NCBI abrite une série de bases de données pertinentes pour la biotechnologie et la biomédecine et constitue une ressource importante pour les outils et services de bioinformatique. Les principales bases de données incluent GenBank pour les séquences d'ADN et PubMed, une base de données bibliographiques pour la littérature biomédicale. D'autres bases de données incluent la base de données NCBI Epigenomics. Toutes ces bases de données sont disponibles en ligne via leur moteur de recherche.

Le NCBI propose et contient une base de données "NCBI taxonomy" qui n'est qu'indicative. Leur site internet précise que cette base n'est pas une source fiable pour la nomenclature ou de classification, et qu'il faut consulter la littérature scientifique pertinente pour les informations les plus fiables. La taxonomie du NCBI représente environ 10 % des espèces vivantes de la planète. Cette taxonomie est une classification curée et se propose comme une nomenclature organisée pour les séquences d'organismes dans des bases de données publiques. Le TaxID (identifiant unique dans la taxonomie du NCBI) sert de lien entre les trois bases de données du International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC, "Collaboration internationale en bases de données de séquences nucléotidiques") dont sont membres la DNA Data Bank of Japan (DDBJ), le NCBI (USA) and l'Institut Européen de Bio-Informatique (EMBL-EBI, Europe).


BASES DE DONNÉES ET LOGICIELS

Le NCBI maintient GenBank, la base de données de séquence génétique NIH. Le personnel de NCBI avec une formation avancée en biologie moléculaire construit la base de données à partir de séquences soumises par des chercheurs, des laboratoires individuels et par échange de données entre d'autres membres de la Collaboration internationale en bases de données de séquences de nucléotides, y compris le Laboratoire Européen de Biologie Moléculaire (EMBL) et la base de données ADN du Japon (DDBJ ). Les arrangements avec l'Office des brevets et des marques américains permettent l'incorporation de données de séquence de brevet.

En plus de GenBank, NCBI prend en charge et distribue une variété de bases de données pour les communautés médicales et scientifiques. Les ressources vont des bases de données moléculaires et littéraires aux outils de similarité de séquences pour structurer l'information et les données génomiques.

Search NCBI databases est le système de recherche et de récupération de NCBI qui offre aux utilisateurs un accès intégré aux séquences, à la cartographie, à la taxonomie, à l'expression et aux données structurelles. Search NCBI databases fournit également des vues graphiques des séquences et des cartes chromosomiques. Deux fonctionnalités puissantes et uniques du Search NCBI databases sont la possibilité de récupérer des séquences, des structures et des références liées à des recherches de similarité pré-calculées et de fournir un accès intégré sur les différentes bases de données. La fonctionnalité de requête globale du Search NCBI databases offre une capacité de recherche pour un sous-ensemble de bases de données.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), un programme de recherche de similarité de séquences développé au NCBI, est essentiel pour identifier les gènes et les caractéristiques génétiques. BLAST peut exécuter des recherches séquentielles sur une base de données ADN de plus de 2 millions de séquences en moins de 15 secondes. Différents programmes BLAST existent pour différents types de recherches ainsi que des options de recherche spécialisées pour la base de données protéiques et les génomes de l'organisme.

Les autres ressources de NCBI incluent Map Viewer qui fournit des affichages intégrés de différentes cartes génomiques d'organismes, visualiseur de structure Cn3D et ressources spécifiques au génome, y compris humaines. Les outils logiciels supplémentaires comprennent: Open Reading Frame Finder (ORF Finder), Electronic PCR, et les outils de soumission de séquences, Sequin et BankIt. Toutes les bases de données et outils logiciels du NCBI sont disponibles sur le Web ou par FTP.


SOURCES


National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Wikipédia anglais

National Library of Medicine